Mari Mäntylän soolo-ohjelmisto koostuu renessanssista nykymusiikkiin. Tärkeimmäksi työkseen hän kuitenkin kokee uuden ohjelmiston luomisen decacordelle yhdessä säveltäjien kanssa jotta soittimen mahdollisuudet tulisivat hyödynnettyä. Mielenkiinnon kohteena tällä hetkellä hänellä on renessanssi-barokkiajan musiikin yhdistäminen nykymusiikkiin. Hyvä näyte tästä on Mäntylän decacorde – soololevy. Yhteistyö säveltäjä Pekka Jalkasen kanssa on tuottanut niin soolo- kuin kamarimusiikkiakin. Suurimuotoisimpina teoksina kaksoiskonsertto Aeterna sekä monologiooppera Dominus Krabbe.

Mäntylä on soittanut laajan repertoaarin kitara-huilu sekä kitara-laulu ohjelmistoa barokista nykymusiikkiin. Kitara-laulu ohjelmistossa on lisäksi luuttulauluja renessanssin ajalta. Mukana on myös espanjalaista sekä brasilialaista lauluohjelmistoa, suomalaisia laulelmia sekä portugalilaista fadoa.

Mari Mäntylän kamarimusiikkikokoonpanoja ovat tällä hetkellä Duo Dryades bandoneonisti Kristina Kuusiston kanssa (tangosta nykymusiikkiin), kontratenori Teppo Lampelan kanssa (mm. Dominus Krabbe monologiooppera). Tämän lisäksi hän tekee yhteistyötä mm. sopraanojen Pia Freundin ja Anneliina Koskisen, sekä perkussio-taiteilija Juhani Hapulin kanssa. Mäntylä on myös mukana Astor Piazzollan musiikkiin perustuvassa Mestari Astor -produktiossa.